À luz da necessidade de dotar o Ministério Público de controles preventivos e descentralizados quanto a atividades, planos, métodos, indicadores e procedimentos interligados, com vistas a assegurar a conformidade dos atos de gestão e a concorrer para que os objetivos e metas estabelecidos para as unidades jurisdicionadas sejam alcançados, o Departamento de Auditoria Interna e a Secretaria-Geral do MPMS regulamentaram o Sistema de Controle Interno (SCI), visando assegurar a fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, quanto à legalidade, à legitimidade e à economicidade na gestão dos recursos, fomentando, dessa forma, a cultura de transparência, economicidade e profissionalização da gestão administrativa.